La Facultad de Ciencias Médicas está conformada por Junta Directiva, quién es la máxima autoridad, encargada de la dirección y administración de la Facultad, así como de velar por la calidad académica de la misma.
El Estatuto de la Universidad de San Carlos de Guatemala establece en el Artículo 25, que la Junta Directiva está integrada por el Decano que la preside, el Secretario y cinco vocales, de los cuales dos son catedráticos, un profesional no catedrático y dos estudiantes.
El Decanato es la instancia de decisión superior que representa a la unidad académica, responsable de planificar, organizar, coordinar, dirigir y controlar las actividades docentes y administrativas de la Facultad de Ciencias Médicas y velar porque se cumpla lo resuelto por el Consejo Superior Universitario, Rectoría y Junta Directiva de la Facultad de Ciencias Médicas.