La estructura organizativa general de la Facultad de Ciencias Médicas está conformada de la manera siguiente:
1. Junta Directiva
2. Decanato
3. Consejo Consultivo
4. Coordinadora de Planificación
5. Coordinadora de Gestión y Vinculación
6. Coordinadora de Comunicación y Relaciones Públicas
7. Secretaría Académica
8. Secretaría Adjunta
9. Dirección de Ciencias Básicas y Biológicas
10. Dirección de Ciencias Clínicas
11. Dirección de Ciencias Sociales y Salud Pública
12. Dirección de ejercicio Profesional Supervisado
13. Dirección de Investigación
14. Dirección de Extensión
15. Dirección de Escuela de Estudios de Postgrado
16. Dirección de Carreras Técnicas
